A játék a Killzone 3 engine-jére épül, és teljes mértékben a két analóg karos rendszerre tervezték az irányítását, melyhez kiegészítésként csatlakoznak a Vita olyan funkciói, mint az érintőképernyő. A Mercenaryben nem meglepő módon zsoldost alakítunk, azonban meglepő módon a kőkemény küldetések végrehajtásában néha a helghast erőkkel együtt kell küzdenünk. A missziók elején mi állíthatjuk össze felszerelésünket, hogy a legjobban fel legyünk készülve az adott feladatra, melynek teljesítéséért járhat csúcs fegyver vagy készpénz.