Ahogy azt a megjelenés előtt hallhattuk, a Wii U-t az első bekapcsolás után frissíteni kell, bizonyos szolgáltatások, mint a Miiverse, az eShop, az internetböngésző, a visszafelékompatibilitás, vagy a Wii és a Wii U közti átjátszás lehetősége csak ezzel válnak elérhetővé. A Nintendo szerint erre azért volt szükség, hogy a cég szakemberei a megjelenésig tökéletesíthessék a programokat.
A probléma csupán az, hogy ennek végeredményeként óriási, 5 GB-os első napi firmware update-et kell letölteniük a játékosoknak, nem véletlen, hogy több tesztben is megjegyzik: a Wii U firmware-re alapjáraton "félkész", és csak a bosszantó frissítési procedúra után válik teljessé. Noha az előző konzolokat is rendszeresen kellett update-elni, úgy fest, az ötgigás csomag megfeküdte a játékosok gyomrát, ami nem csoda: a felhasználói beszámolók szerint sávszélességtől függően 1-4 óra volt a frissítési procedúra. Ez a kép például fél óra elteltével készült.
A leghírhedtebb eset talán az L.A. Times riporteréé: Ben Fritz gyanúsnak találta, hogy ennyire lassú az update, ezért a frissítés közben a konnektorból való kihúzás után próbálta újraindítani a gépet, aminek az eredménye az lett, hogy a Wii U nemes egyszerűséggel bedöglött.
Update! Egyes beszámolók szerint a Wii U képes a háttérben is letölteni a firmware-frissítést. Többen meglepve tapasztalták, hogy bár azt hitték, leállították a frissítés letöltését, egy offline játékkal való mulatozás közben felugrott egy ablak, amely szerint a rendszer leszedte az update-et, és lehet telepíteni azt. Ez sokat enyhíthet a fent említett problémán.