Ha azt mondjuk, hogy id Software, John Romero vagy John Carmack, akkor szinte biztos, hogy mindenkinek a DOOM, a Wolfenstein és a Quake fog beugrani. A sötét, véres, pörgős akciójátékok és az FPS műfaj előtt azonban a csapat egészen más vizeken evezett. Bár elsőre, sőt másodikra sem látni túl sok közös vonást azt nehéz elvitatni a Commander Keen franchise-tól, hogy nélküle nem született volna meg az id Software új iránya.

A két John első közös munkája volt az első Commander Keen trilógia, amelyben a 8 éves zseni, Billy Blaze egyedül menti meg a világot, miután felveszi bátyja sisakját. Commander Keenként bejárja a Mars városait és levadássza az idegen inváziót vezető Grand Intellectet. Az oldalnézetes platformer során az ugrálás mellett a lövöldözés is fontos szerepet kapott. A korabeli kritikák méltatták is a játékot azért, mert olyan „nintendos” érzést keltett, ami nem véletlen. Carmack és Romero több társukkal együtt elkészítették a Super Mario Bros. 3 PC-portjának demóját, azonban a Nintendot nem érdekelte a projekt. Ebből a munkából nőtte ki magát végül a Commander Keen. Az első trilógiát még egy második is követte, sőt spinoffként tekinthető epizódok is.

A Commander Keen sikere tette lehetővé, hogy megalakuljon az id Software, sőt a játék megjelenését követően indított workshopok alapján két hagyomány is született: a QuakeCon és az id Software motorjainak licencelése. A Commander Keen játékok 1991-es megjelenését követően a csapat már 1992-ben kiadta az első Wolfenstein-játékát, a Wolfenstein 3D-t, ami viszont egy meglepő formában kapcsolódik a Commander Keen-franchise-hoz. Billy Blaze ugyanis hivatalosan is B. J. Blazkowicz unokája, teljes neve William J. Blazkowicz II. Azonban a családfa itt nem áll meg, ugyanis az eredeti DOOM főhőse, Doom Guy is rockon: ő Commander Keen leszármazottja, B.J. Blazkowicz III (ahogy Romero fogalmazott: a Blazkowicz családban a hősiesség ugrik egy generációt).

Ezzel együtt is a 1993-as DOOM-ban és az 1994-es DOOM 2-ben is több olyan easter egget láthatunk, amelyben Commander Keen koponyája köszön vissza ránk. Ez lehet egyfajta üzenet vagy pusztán annak a ténynek a megerősítése, hogy bizony a zseni gyerek már jócskán benne volt a korban és természetes úton távozott az élők sorából. Azonban az, hogy ezt követően nem készült több Commander Keen játék, szintén nem figyelmen kívül hagyható. Az id Software teljesen az FPS műfaj felé fordult, John Romero pedig önálló munkássága során is inkább ebben az irányban alkotott. 2019-ben ugyan bejelentettek egy új Commander Keen-játékot a ZeniMax Online Studios készítésében, azonban ebből végül nem lett semmi. A fejlesztői hőskorról is beszélgethetünk majd az idei PlayIT-en John Romeroval, ahova a jegyek még kapható a PlayIT oldalán.