A Prey 2 főszereplője Killian Samuels lesz, aki egy rabot kísér egy menetrendszerű repülőgépen, amit az idegenek hatalmába kerítenek. Amikor felébred az ismeretlen környezetben, Tommy-hoz hasonlóan ő sem tudja, hogy hol van. Előkapja szolgálati pisztolyát, és lelövi az első útjába kerülő amorf teremtményt, ám egy magasabb szintű technológia ellen vajmi keveset ér a fegyvere.
Az előző résztől eltérően taktikusabban kell hozzáállni a dolgokhoz, ki kell használni a környezet által nyújtott fedezékeket. Az előrehaladás sokkal filmszerűbb mint korábban, rövidesen baráti emberekkel is találkozik, köztük az első rész főszereplőjével, Tommy-val is, aki szépen fel is világosítja az aktuális helyzetről. Az Exodus bolygó viszont még számtalan veszélyt rejt.