Az ígéretek szerint a Mass Effect 3: Special Edition igyekszik teljesen kihasználni a konzol olyan egyedi lehetőségeit, mint az új táblakontroller. Ezen kívül extra tartalmak is érkeznek Wii U-ra: kapunk egy küldetést, egy új csapattagot, egy exkluzív fegyvert, az Extended Cut befejezését, és a PS3-as interaktív háttértörténet-mesélő képregény bővített változatát, hogy a Nintendo játékosbázisa is képben legyen az első két rész eseményeivel kapcsolatban.