A The Bureau: XCOM Declassified egy szomorú eredettörténetet mesél el az idegenek első érkezéséről, valamint arról, hogy miként tették tönkre az életünket. A kormány már tudja, hogy valami nincs rendjén és a szovjetekkel vívott hidegháború mellett emiatt is főhet a feje. Ügynököket küld az eset kivizsgálásra, a titok nyitja az idegenek technológiájának megismerésében rejlik.
Tekintsünk bele a játék első tíz percébe!