Az Alien: Isolationben nem az ellenség módszeres lelövöldözésével érvényesülhetünk, a fejlesztők már a kezdetek óta hangsúlyozzák, hogy a játékban a horrorélményre összpontosítanak. Aki egy új Colonial Marinest vár, rosszul jár.
A vezető designer, Gary Napper a GamesTM-nek elmondta, hogy a játékot ölés nélkül is végigjátszhatjuk, annak ellenére, hogy a narratíva itt-ott megengedi az erőszakot. Egy-egy emberi vagy szintetikus élőlénnyel való találkozás akár vérontásba torkolhat, de lopakodással bármilyen konfliktus kikerülhető lesz.
Napper emellett kiemelte, hogy az űrállomás a legkevésbé sem lineáris felépítésű. A korábban bejárt területekre visszatérhetünk, nem fordulhat elő az, hogy ha belépünk az ajtón egy szobába, visszafelé már zárva lesz.
Az alien vagy az ellenséges katona bárhol ránk támadhat: a talajból, a szellőzőnyílásokból vagy a fal mögül felbukkanva. Lehet, hogy mozgásérzékelő sem lesz nálunk, és nincsenek mágikus golyók, sem mindent látó szem. Magunkra leszünk utalva.