A Naruto to Boruto: Shinobi Strikerben négyféle kooperatív küldetéstípus kapott helyett. Az első a Searching, amelyben egy titkos tárgyat kell megtalálnunk a csapdákkal teli térképen. A második az Extermination, ahol a túlerőben lévő ellenséget kell likvidálnunk.
A következő mód a Bodyguard, melyben egy szövetségesünket kell megvédenünk és elkísérnünk egy kijelölt helyre, végül a Subjugationben kisebb nindzsákkal és hatalmas főellenségekkel kell szembenéznie csapatunknak.
Természetesen kompetitív multi is lesz az augusztus 30-án érkező játékban PC-n, Xbox One-on és PS4-en.