A Titan Quest Atlantis kiegészítője úgy nyit, hogy a játékosok egy rejtélyes felfedezővel találkoznak, aki a legendás Atlantisz városát keresi. A Földközi-tengeren vitorlázva meg is találja Heraklész naplóját, amely tartalmazza a legendás birodalom kulcsát. Hősünk tehát felkerekedik és lemerül a víz alá.
A sztorit akár hatan is végigjátszhatjuk, ráadásul az új bővítmény egy hordamódot is tartalmaz Tartarus néven. A készítők a grafikán is finomítottak kicsit, például az SSAO is bekerült az opciók közé.