A Prey: Mooncrash történetének főhőse egy Peter nevű hacker lesz, aki épp egy kémműholddal figyeli a TranStar kommunikációját. Nem sokkal a Prey eseményei után azonban a TranStar titkos bázisáról nem érkezik több jel. Rajtunk áll, hogy kitaláljuk, mi is történt.
A DLC tehát a Hold egy titkos bázisán játszódik, ahol egy újra és újra ismétlődő szimulációban fogunk részt venni. A szimuláció lényege, hogy túléljük a kihívásokat és sikeresen megmeneküljünk a TranStar borzalmas bázisáról, ahol az újabb és újabb próbálkozásokkal vadonatúj részleteket és információkat ismerhetünk majd meg. Kicsit olyan az egész, mintha egy roguelike kampányt játszanánk végig.