A C.E.L.L. egységek elkapták Prófétát és kísérletezni akarnak vele, de Psycho megmenti. Miután Próféta egy kis ízellítőt kapott New Yorkból fel kell robbantania a "Fulton gátat", hogy ezzel megszűntesse a Nexus (System X) védelmi ellátását. Ezután az Alpha Ceph "Ceph féreglyukat" hoz létre, hogy megszállják a Földet. Prophet feltölti magát a Ceph-be és utána elindul az "Archangel" -höz. Közben Claire-t és bandáját megtámadják ezért megváltozik az úticélja. Claire az Archangelen van, Prophet fel megy lifttel és miközben nézik a "System X Project" -et az Alpha Ceph addig körbe veszi a tornyot. Próféta, Psycho és Claire megmenekülnek egy VTOL-lal és Rasch meghal Claire haldoklik és meghal a landolás után. Próféta kiiktatja a 3 Triple A-t (AAA) és Michael felszedi. Landolnak egy platzon, lelövik az érkező Ceph egységeket és amikor elmennének, jön a "Ceph csatatéri parancsnok(Mastermind)"  Michael eltűnik és Próféta egyedűl győzi le. Ősszeomlott minden és a föld alatt utat talál a Cephekhez. A 3 Ceph Mindcarriert megsemmisíti a puszta energiájával és a féreglyuknál megküzd az Alpha Ceph-vel. Fent az űrben az Archangellel kiírta a legnagyobb cephet és lezuhan egy szigetre. A szigeten él a bőrébe belesűlt Nanoruhával, amíg meg nem hal.